-Introducción al análisis de datos de secuenciaciones del genoma de representación reducida (RAD-Seq) con STACKS.

Tutor: M.Sc. Nelson Rivera Franco

Resumen: Los nuevos métodos computacionales y los enfoques de secuenciación de la próxima generación (NGS) han permitido el uso de miles o cientos de miles de marcadores genéticos para abordar preguntas anteriormente difíciles de contestar. Entre estos, los métodos de secuenciación del genoma de representación reducida (RADseq) están revolucionando la forma de analizar datos para genética de poblaciones, estudios de asociación y filogenia, tanto en organismos modelo como en no-modelo, de una forma rápida y costo/efectiva. Se han desarrollado varios protocolos y análisis de datos para generar miles de variantes de secuencia en cientos de individuos a un costo y velocidad relativamente bajos. En este curso introductorio, presentaremos un enfoque para obtener datos de secuenciación de genoma de representación reducida mediante el uso de una pipeline ampliamente usado para este fin: STACKS. Cubriremos, de forma general, todos los pasos necesarios para obtener variantes genómicas a partir de datos de lectura corta que sean informativos para estudios genéticos de poblaciones, filogenéticos y de asociación.

-Curvas de disociación de alta resolución (HRM: High resolution melting) como herramienta para genotipificación usando diferentes marcadores moleculares. Caso de estudio en Capsicum.

Tutor: M.Sc. Ronald Andrés Viáfara Vega

Resumen: La técnica de HRM, corresponde a un grupo de herramientas de PCR en tiempo real que permite la diferenciación de las moléculas de ADN con base en sus formas de disociación, lo cual, es influido directamente por el tamaño de la molécula (pares de bases) y su composición nucleotídica, facilitando la identificación incluso en aquellas moléculas con una sola base de diferencia la una de la otra (alta resolución). También, permite realizar la fase de PCR y post-PCR (genotipificación) en un solo tubo (reacción), por lo que ahorra costos de reactivos y tiempo. Su uso en la biología molecular se enfocaba principalmente en la identificación de SNP en diferentes organismos (bacterias, plantas, animales), aunque también puede ser aplicado para identificar indel y polimorfismos en marcadores microsatélite (SSR). Por lo tanto, en este seminario se planea exponer las características de un análisis de HRM, ventajas, desventajas, así como un caso de estudio usando sistemas microsatélite en líneas de Capsicum (ají) del Valle del Cauca.